13世纪，成吉思汗西征，版图划至西域的伊斯兰教国家和地区。中西之间的陆上丝绸之路，随着蒙古铁骑的自由驰骋而畅通无阻。西域各国的穆斯林沿着这条大开的交通线，随着蒙古军队大量涌入中国。他们给中国带来了清真饮食文化，带来了中西文化与经济的交流，带来了有益于中国社会进步的民族成份和民族融合。
　　
《明史·西域传》说：“元时回回遍天下”。周密《癸辛杂记》也说：“今回回皆以中原为家，江南为多。”元代在中国的穆斯林人数据估计约有百万人以上，遍布全国城乡，逐渐形成了“大分散，小集中”的地域分布特点。东南沿海城市的穆斯林蕃客，被称为“回回蕃客”，其经济实力与社会地位有了发展与提高。以“民夷杂处”著称的泉州，在当地的“回回蕃客”中，又不断增加了前来定居的阿拉伯和波斯的穆斯林商人。广州的阿拉伯商人也很多，使宋代穆斯林聚居的“蕃坊”更趋繁华。其它东南沿海有“回回蕃客”留居的城市，也都出现了穆斯林人数扩大的现象。另外，还有很多外族人归信了伊斯兰教。元代的回回人仍以经商著称，但已开始步入农业经济，逐渐与中国社会相融合。穆斯林的大规模入华和伊斯兰教在全国范围的传播，直接推动了中国清真餐饮业和清真饮食文化的发展。
　　
元朝政权对穆斯林的基本政策是“恩威相济”、“兼容并蓄”，这种比较宽容和态度，对清真饮食业的发展从客观环境上创造了有利的气氛。但是最高统治者有时也通过行政命令，干预穆斯林的饮食习俗，而这种行政干预又束缚了经济的发展与繁荣。据《多桑蒙古史》载：成吉思汗要求臣民，“其杀所食之动物，必须缚其四肢，破胸，入手紧握其心脏；如仿穆斯林杀牲者，则应如法杀其人。”《元史》也载：元世祖至元十六年（1279年）十二月，“回回等所过供食，羊非自杀者不食，百姓苦之。帝曰：‘彼吾奴也，饮食敢不随我朝乎？’诏禁之。”有一次，一些穆斯林商人向忽必烈进贡了一只白脚红喙的隼和一只白鹫，忽必烈赐宴时，把自己桌上的食物赐给他们，他们不吃，忽必烈问为什么，他们说：“这种食物是我们所禁忌的。”忽必烈生了气，就命令穆斯林和基督教徒，今后不得以断喉法宰羊，而要按蒙古人的习俗，用剖堂法杀羊。若再有人用断喉法宰羊，就也用其法将他杀死，并将其妻子、儿女和房产给予告发者。这项干预令颁布后，很多穆斯林商人都走了，穆斯林国家的商人也不来了，致使关税锐减。7年后饱尝苦果的朝廷才不得不取消了这项不得人心的干预令。（见《史集》第2卷346—347页，商务印书馆1985年版。）
　　
元代的清真饮食不仅形成了一定的规模，而且很多清真菜肴小吃还进入了宫廷。仁宗延礻右年间（公元1214—1321年），有个负责皇帝营养饮食的“饮膳太医”，名忽思慧，撰写了一部《饮膳正要》，此书共分三卷，其中从皇帝所用的珍馐异馔至民间的日常蔬食淡饭，均有所述。第一卷主要是菜肴和小吃部分，收录很多牛羊肉菜品，其中已考证出的清真食品近10种。“秃秃麻食”是一款流传至今的著名古典清真名吃。原文载：“白面六斤，作秃秃麻食；羊肉一脚子炒焦肉乞马。右件，用好肉汤下炒，葱调和匀，下蒜酪、香菜末。”从简单的行文看，和我们今天所吃的麻食大致相同，只是其吃法相似于今天新疆的拌面。注意，我说的只是吃法像拌面，但绝不是拌面，其工艺还是麻食的做法。还有“河西肺”也很驰名，做法是：“羊肺一个；韭六斤，取汁；面二斤，打糊；酥油半斤；胡椒二两；生姜二合。右件，用盐调和匀，灌肺煮熟。用汁浇食之。”河西，在元代指宁夏、甘肃一带，当时为回回聚集的地区。由此可见，河西肺是由河西的回回带到京城，而又传入宫廷的。我们从今天西北一带穆斯林烹制牛羊肉的粗犷风格看，似乎还有“河西肺”的影子。《饮膳正要》还有很多肴馔，尽管未注明是回回食品，但从其工艺和用料看，和今天的一些清真食品有异曲同工之妙。例如“肉饼儿”，可以认为是今天羊肉饼的前身，“精羊肉十斤，去脂膜、筋，捶为泥；哈昔泥三钱；胡椒二两；荜拨一两；芫荽末一两。右件，用盐调和匀，捻饼，入小油炸。”还有“杂羹”，和今天羊杂羔肉的作法基本一样。其实，今天所说“杂羔”，就是古代“杂羹”的音变。“羹”字从羔，从美。古人的主要肉食是羊肉，所以用“羔”、“羹”会意，表示肉的味道鲜美。至于“羹”表示汤的意思，则是以后的事。
　　
到元末明初，清真饮食已在社会、家庭大量普及。这时候社会上流传着一本《居家必用事类全集》，类似于现在的生活百科大全。全书共十集，内容丰富。其中己集、庚集均为“饮食类”。特别值得重视的是，书中专门列有“回回食品”一章，收录了“设克儿疋剌、卷煎饼、糕糜、酸汤、秃秃麻食、八耳塔、哈尔尾、古剌赤、海螺厮、即你疋牙、哈里撒、河西肺”等12个菜点品种。
　　
明代是我国清真饮食发展的重要时期。由于辅佐朱元璋打天下的有很多穆斯林高级将领，故民间有“十大回回保国”传说。穆斯林贡献于明室者不止武功。七下西洋的郑和及其随员马欢、费信、哈三，介绍伊斯兰天文学的马德鲁丁及其子马沙亦黑、马哈麻等，均系穆斯林。穆斯林有功于明室如此之大，故明室对穆斯林的信仰亦予以一定的尊重，藉以维系服务于明室的穆斯林臣众的感情，同时在赋税、安全、住宿、贸易等方面给中外穆斯林使臣商队提供优惠待遇，包括照顾他们的特殊生活习俗。明代穆斯林商人分布区域广泛，接触民族众多，又多数聚居在水陆交通沿线和城镇附近，因此在民族经济交流中扮演着重要的角色。他们经营的仍是传统的手工业品，如清真饮食、制药、制香和制革等。京城的一些穆斯林还从事牛羊屠宰业，仅宣武门外，以宰牛为业的穆斯林就达上万人之多。充足的牛羊肉货源，为丰富清真饮食市场提供了保证。
　　
明代王室还非常重视清真饮食。伊斯兰教自唐朝传入中国以来，清真饮食就受到历代王室的喜爱，但皇宫内专设清真御膳房，则只有明代一朝。张志华教授曾撰文考证，认为朱元璋及王后均系穆斯林。《明史》所载后宫所建的“豹房新寺”，实际是一座清真寺。阿里·阿克巴尔在《中国纪行》里谈到明王室的清真御膳房时说：“冬来庆祝新年时，百官入宫朝贺……各国使节亦须入宫朝贺，来朝使节均被留宴。供应伊斯兰国家使节之御膳，由清真御膳房供应之；其它使节则由非清真御膳房供应之。”很多民间穆斯林厨师也被请入宫主厨。在北京牛街已世代居住了七八代的穆斯林老人梁德山师傅, 世业执厨，上溯其祖于明永乐时,因善治膳,得到朱棣的嘉奖,赐号“大顺堂梁”。这是民间清真菜进入明代宫廷之佐证。
　　
另外，明代时，全国各地穆斯林烹制的清真饮食已很有名。徐霞客到云南旅游时，品尝过穆斯林马云容在家里制作的牛羊杂碎，使吃遍华夏的他由衷地赞美道：“肴多烹牛杂羊杂，割脯而出，甚清洁。”这里还特意提到了清真饮食“甚清洁”，说明清真饮食的清洁给徐霞客留下了美好的印象。